O sobreiro é a espécie mais importante, ocupando uma área de cerca 180 hectares. Os povoamentos de sobreiro são espaços florestais de enorme biodiversidade, com um papel muito relevante na conservação da natureza, dos habitats naturais e das espécies da fauna e da flora.
O pinheiro manso é a segunda espécie mais comum nas florestas da Quinta do Calhariz, ocupando cerca de 90 hectares. O pinheiro manso é uma espécie de elevado valor estético, constituindo uma marca muito saliente nas paisagens florestais tipicamente mediterrânicas.
O pinheiro bravo e o de alepo, completam a paisagem florestal da Quinta do Calhariz. Estas espécies florestais são utilizadas para a produção de madeira. O pinheiro bravo é a espécie florestal autóctone mais abundante em Portugal, mas na Quinta do Calhariz ocupa apenas pequenas áreas. O pinheiro de alepo é o pinheiro típico dos solos derivados dos maciços calcários, pelo que aparece naturalmente nas zonas de afloramentos rochosos da Quinta do Calhariz.
Na Quinta do Calhariz é possível observar interessantes formações de espécies folhosas autóctones, dominadas pelo freixo e pelo carvalho-cerquinho, duas espécies com elevado interesse para a conservação da natureza. A Quinta do Calhariz, como parte integrante do Parque Natural da Serra da Arrábida, alberga uma vasta área de formações vegetais arbustivas dominadas pelas espécies mais representativas da flora da Arrábida, incluindo o lentisco, a aroeira, o carrasco, o rosmaninho, o alecrim, a estevinha, o tomilho, o medronheiro e a urze. Nos espaços naturais da Quinta do Calhariz é também possível observar mais de 150 espécies animais autóctones.